Penyakit menular masih menjadi masalah kesehatan masyarakat di wilayah kerja Balkesmas Magelang diantaranya malaria, DBD dan TBC. Pada tahun 2023 kasus malaria dilaporkan 139 kasus terdiri dari 48 kasus indigenus dan 91 kasus import, dengan API 0,013 per 1000 penduduk. Kasus tertinggi di Kabupaten Purworejo dengan API th 2023 sebesar 0,063/1000 penduduk. Kasus yang dilaporkan sebanyak 49 orang terdiri dari 36 indigenus dan 13 import. Untuk itu perlu adanya upaya untuk penanganan masalah malaria dengan salah satunya penguatan surveilans malaria untuk menuju eliminasi malaria di Kabupaten Purworejo th 2026.
